شهید صیاد شیرازی به‌دلیل عملیات‌های متعددی که در منطقه کردستان انجام می‌داد، گزارش‌های منفی از او در تهران به فرمانده‌هان و افراد رده‌بالای سیاست می‌رسید که همین امر منجر شده بود تا اختلافی بین و او رئیس‌جمهور سابق ایران، بنی‌صدر دربگیرد. آمار و ارقام و نتایج عملیات‌ها به شیوه‌ای متفاوت و با ارقام نسبتاً بالا به تهران می‌رسید و همین امر باعث ایجاد اختلافاتی شد. دلیل عزل او از جانب بنی‌صدر تلفاتی بود که در یک ستون‌کشی در کردستان داده بودند، اما نسبت آمار منتقل‌شده بیش از تلفاتی بود که صورت گرفته شده بود.
انقلاب که به ثمر رسید وارد پادگان اصفهان شد. در دانشکده توپخانه تدریس می‌کرد و با نیرو‌های انقلابی در اصفهان و تهران با یوسف کلاهدوز و حسن اقارب‌پرست ارتباط داشت. در داخل پادگان نفراتی را که می‌دانست مومن هستند و روحیه انقلابی در بین آنان آمیخته شده است و جرات و جربزه‌اش را دارند اعلامیه‌های حضرت امام را به نحوی به آنها می‌رساند و کسانی را که آمادگی‌اش را نداشتند تلاش می‌کرد تا زمینه و جو انقلابی در میان پرسنل قوی‌تر شوند.
به گزارش خبرآنلاین، «در ارتش شبکه‌های سه نفره درست کرده بودیم. نمی‌توانستیم بیشتر از سه نفر در یک جا جمع شویم. سه نفر سه نفر در خانه‌ها جمع می‌شدیم، آخرین وضعیت را بررسی می‌کردیم و خود را نسبت به پیام‌های حضرت امام موظف می‌کردیم تا در محیط اقداماتی انجام دهیم. چهره من در مرکز توپخانه اصفهان شناخته شده بود نه به عنوان کسی که چهره‌اش با سیاست آمیخته است بلکه مرا یک چهره مذهبی می‌شناختند. در همان کمیته‌ای که درس می‌دادم نقشه‌برداری و نقشه‌خوانی تدریس می‌کردم.»
ازجمله اقدامات مهم و حیاتی علی صیاد شیرازی در کردستان می‌توان به طرح‌های عملیاتی منجر به شکست حصر شهر سنندج و پادگان‌های مریوان، بانه و سقز اشاره کرد. پس از این طرح‌های پیروزی‌بخش بود که شهید صیاد به پاس مجاهدت‌های خاموش خود، با ارتقای ۲ درجه و با درجه سرهنگ‌تمامی به فرماندهی عملیات غرب کشور ارتش منصوب شد.
در بین همه شهر‌های کردستان، سنندج به خاطر موقعیت استراتژیکش هم برای گروه‌های مسلح ضدانقلاب و هم برای دولت از اهمیت بالایی برخوردار بود؛ چنانکه پادگان ارتش در این شهر، فروردین ۱۳۵۸ تحت حمله و محاصره ضدانقلاب قرار گرفت. عملیات آزادسازی این شهر در اردیبهشت ۵۹ نیز که با همکاری مشترک ارتش و سپاه انجام شد، بیش از ۲۰ روز به طول انجامید.
پس از حوادث کردستان، صیاد با درجه سرگردی به همراه رحیم‌صفوی به غرب اعزام شد و با همکاری ارتش و سپاه، بر سنندج مسلط شد. این عملیات در کردستان موجب شد تا او با درجه سرهنگی به فرماندهی عملیات غرب منصوب شود. صیاد، چون نسبت به بعضی از افراد لشکر درجه‌اش کمتر بود درجه نظامی‌اش را روی لباسش نصب نمی‌کرد؛ ولی مدتی بعد به سبب تمرد، این ۲ درجه از او پس گرفته شد.
در نوشته‌های سید ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس‌جمهور سابق ایران، در این باره آمده در سردشت، نیرو‌های تحت امر سرهنگ صیاد شیرازی تلفات و شکست سختی متحمل شده‌اند. در پاسخ به پرسش فرمانده کل قوا، بنی‌صدر، در مورد تلفات، صیاد شیرازی پاسخ می‌دهد: «آنان به بهشت می‌روند» و برای جبران شکست درخواست استفاده از بمب ناپالم می‌کند که با خشم شدید و مخالفت بنی‌صدر مواجه می‌شود. این اختلافات موجب خلع دو درجه، برکناری و دستور محاکمه نظامی صیاد شیرازی می‌شود. ولی آن‌چه توسط خود صیاد شیرازی و همچنین سخن‌گوی وقت ارتش سرتیپ غلامحسین دربندی نقل شده، با آن‌چه بنی‌صدر نوشته متفاوت است. صیاد شیرازی درباره عزل خود گفته است: «به موجب سعایت‌هایی که علیه اینجانب و قرارگاه عملیاتی غرب کشور انجام گرفت، به دستور رئیس‌جمهوری وقت حیطه فرماندهی من به کردستان محدود شد. سپس از مسئولیت خود عزل شدم. در ضمن به درجه قبلی یعنی سرگردی تنزل یافتم. در همین اوان بود که جنگ تحمیلی نیز آغاز گردید.»
شهید صیاد شیرازی به دلیل عملیات‌های متعددی که در منطقه کردستان انجام می‌داد گزارش‌های منفی از او در تهران به فرمانده‌هان و افراد رده‌بالای سیاست می‌رسید که همین امر منجر شده بود تا اختلافی بین و او رئیس‌جمهور سابق ایران، بنی‌صدر دربگیرد. آمار و ارقام و نتایج عملیات‌ها به شیوه‌ای متفاوت و با ارقام نسبتا بالا به تهران می‌رسید و همین امر باعث ایجاد اختلافاتی شد. دلیل عزل او از جانب بنی‌صدر تلفاتی بود که در یک ستون‌کشی در کردستان داده بودند، اما نسبت آمار منتقل‌شده بیش از تلفاتی بود که صورت گرفته شده بود. پس از خلع بنی‌صدر، با حضور محمدعلی رجایی در سمت ریاست‌جمهوری، صیاد شیرازی بار دیگر با دریافت دو درجه، به ارتش بازگشت و برای پایان دادن به ناهماهنگی ارتش و سپاه، قرارگاه مشترک عملیاتی سپاه و ارتش تحت عنوان قرارگاه حمزه سیدالشهداء را راه‌اندازی کرد.
حسین علایی، فرمانده قرارگاه نوح (ع)، درباره این مقطع زندگی شهید صیاد شیرازی می‌گوید: «در زمان عزل او دوستان به من گفتند که اگر شما می‌خواهید اعتراض کنید، نامه‌ای به امام بنویسید و از ایشان بخواهید که او را دوباره در ارتش به کار بگیرد. من هم نامه‌ای با این مضمون خطاب به امام نوشتم که بنی‌صدر، آقای صیاد شیرازی را که از افراد خدوم ارتش بوده و در کردستان خدمات خوبی انجام داده، کنار گذاشته است. از شما می‌خواهم که دستور بفرمایید ایشان به ارتش بازگردد.»
سید یحیی صفوی، شهید صیاد شیرازی را این‌طور توصیف می‌کند: «صیاد شیرازی در ابتدا حکمی از سوی بنی‌صدر و ارتش دریافت نکرده بود و با تیمی که داشت به کردستان به صورت داوطلبانه شرکت کرده بود. زمانی که فرماندهی جنگ را برعهده می‌گرفت فقط دستوراتش را صادر نمی‌کرد و خود او مانند سربازانی که از جایگاه درجه از او پایین‌تر بودند به مبارزه می‌پرداخت. با عزل شدن او از سوی بنی‌صدر بازهم دست از کوشش برنداشت و پیش از آغاز جنگ در ستاد مشترک سپاه به عنوان یک ارتشی به نیرو‌ها نقشه‌خوانی را آموزش می‌داد. وحدت سپاه و ارتش در جنگ بر اثر وحدت عملکرد خود من و صیاد شیرازی در کردستان بود.»
«عملیات قادر» عملیات تهاجمی گسترده نیرو‌های مسلح ایران، در خلال جنگ ایران و عراق بود که در ۳ مرحله و به مدت ۲ ماه، از ۲۴ تیر تا ۱۸ شهریور ۱۳۶۴ در استان اربیل، عراق انجام شد. این عملیات به طور مشترک توسط نیروی زمینی ارتش و سپاه پاسداران، همچنین با پشتیبانی نیروی هوایی ارتش و هوانیروز، بر ضد نیرو‌های ارتش عراق، طراحی و اجرا گردید. بعد از عملیات قادر، صیاد شیرازی، ناکامی ارتش در این عملیات را ناشی از عدم همکاری سپاه دانست و این موضوع اختلافات پیش‌آمده بین محسن رضایی به عنوان فرمانده کل سپاه و صیاد شیرازی به عنوان فرمانده نیروی زمینی ارتش تا بدانجا رساند که امام خمینی در تیر ۱۳۶۵ با آنها در جماران ملاقات کرد و از ایشان خواست وحدت را دنبال کنند. اما علی صیاد شیرازی در مرداد سال ۱۳۶۵ از فرماندهی نیروی زمینی استعفا داد و با پیشنهاد رهبر معظم انقلاب و تصویب امام خمینی به سمت «نمایندگی رهبری در شورای عالی دفاع» منصوب شد. به گفته رئیس اداره دوم ارتش در دهه ۶۰، سرهنگ محمدمهدی کتیبه، محسن رضایی باعث کنار گذاشتن صیاد شیرازی از فرماندهی نیروی زمینی ارتش بود.
«عملیات مرصاد»، مهم‌ترین عملیاتی بود که در میان مردم به نام شهید صیاد شیرازی شناخته می‌شود. در این عملیات بود که نیرو‌های جمهوری اسلامی ایران در اواخر جنگ ایران و عراق و در پاسخ به «عملیات فروغ جاویدان» که توسط سازمان مجاهدین خلق برنامه‌ریزی شده بود، اجرا کردند. این درگیری میان جمهوری اسلامی ایران و سازمان مجاهدین خلق پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران و پایان جنگ ایران و عراق، در سال ۱۳۶۷ درگرفت. فرماندهی نیرو‌های ایران در این عملیات بر عهده علی صیاد شیرازی بود. پس از چند روز درگیری در پایان نیرو‌های مسلح جمهوری اسلامی ایران بر سازمان مجاهدین خلق پیروز شدند. تعداد زیادی در این نبرد کشته شدند. این نبرد آخرین درگیری در جنگ ایران و عراق به‌شمار می‌رود.
صیاد شیرازی به همراه محسن رضایی و آیت‌الله علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان اصلی‌ترین رهبران نظامی ایران و کسانی که به‌وضوح پس از آزادسازی خرمشهر طرفدار ادامه جنگ و کشاندن جنگ به داخل عراق بودند، شناخته می‌شوند.
صیاد شیرازی در بامداد ۲۱ فروردین ۱۳۷۸ به وسیله عوامل مسلح سازمان مجاهدین خلق در پوشش رفتگر، مقابل درب منزل مسکونی‌اش واقع در تهران و در برابر دیدگان فرزندش ترور شد. پس از درگذشت علی صیاد شیرازی، سید علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی به او درجه سپهبدی اعطا کرد.
«ناگفته‌های جنگ»، احمد دهقان، انتشارات سوره مهر
«تاریخ شفاهی دفاع مقدس، روایت سید یحیی صفوی» به کوشش حسین اردستانی، انتشارات مرکز اسناد و تحقیقات دفاع مقدس
«تاریخ شفاهی دفاع مقدس، روایت حسین علایی» به کوشش مهدی حاجی خداوردی خان، انتشارات مرکز اسناد و تحقیقات دفاع مقدس
