چهل و یک سال پیش در فرداروزی محاکمه نخستوزیر ۱۳ ساله رژیم پهلوی آغاز شد. ابراهیم یزدی، دبیر کل فقید نهضت آزادی میگوید: «وقتی هویدا را از پادگان جمشیدیه به مدرسه رفاه آوردند، به من گفت که فلانی، من حرفهای زیادی دارم که باید بزنم... من به آقای خمینی گفتم که هویدا اسرار زیادی دارد... باید بگذاریم حرفش را بزند. ایشان پیشنهاد من را پذیرفت. به خلخالی گفت: همانجور که فلانی میگوید، عمل کنید...» که البته عمل نشد.
هویدا که در مهرماه ۱۳۵۶ بعد از ۱۳ سال نخستوزیری کناره گرفت و در مقام وزیر دربار کار خود را ادامه داده بود، بعد از جمعه سیاه ۱۷ شهریور ۵۷ از همه مناصب دولتی و حکومتی خود استعفا داد.
براساس برخی منابع شاه به او پیشنهاد کرد که به بلژیک برود و در سفارت ایران در این کشور مشغول به کار شود. او این پیشنهاد را نه رد کرد و نه قبول و چند روزی فرصت خواست تا جوانب را بسنجد؛ اما در این چند روزی که او در حال مذاکره با دوستانش بود، اتفاقات زیادی رخ داد و در نهایت به زندانیشدنش منجر شد. او ابتدا به بهانه مراقبت بیشتر در خانه شخصیاش حصر شد و در ۱۷ آبان بهصورت رسمی دستگیر و به زندان قصر منتقل شد و در روزهای پر آتش و خون بهمن ۵۷ او ماجرا را از پشت حصار زندان قصر در سلول انفرادی دنبال کرد. سلولی که به گفته صادق خلخالی، قاضی شرعی که دادگاه او را اداره میکرد، بیشتر هتلی برای خوشگذرانی دستهجمعی این افراد دستگیر شده بود. در همانجا بود که صدای انقلاب اسلامی را شنید. با قطعیشدن پیروزی انقلاب او را همراه تعدادی از زندانیان خاص به مدرسه رفاه بردند.
دکتر فرشته انشاء که پزشک هویدا بود، به عباس میلانی، تاریخنگار و نویسنده کتاب «معمای هویدا» گفته بود در مدرسه رفاه به دیدار او رفت و بعد از آن شنید که دادگاههای هویدا آغاز شده است. دادگاهی که به نوشته خبرنگار روزنامه اطلاعات، چهار ساعت در حضور ۳۰۰ تماشاگر برگزار شد که خانواده شهدای انقلاب اسلامی نیز در آن شرکت کرده بودند. هویدا وقتی به دادگاه رسید، به نوشته رسول صدرعاملی، خبرنگار روزنامه اطلاعات، هنوز خوابآلود بود و خبری از چهره همیشه مرتبش نبود. حمید هوشنگی، گزارشگر تلویزیون، در کنار مجید حدادعادل که داشت صدابرداری میکرد و غلامعلی حدادعادل و صدرعاملی این لحظه تاریخی را ثبت میکردند.
صادق خلخالی، رئیس دادگاهی که هویدا را به اعدام محکوم کرد، در خاطراتش درباره آن روز مینویسد: «پس از تشکیل جلسه محاکمه هویدا و انجام دفاعیات او و صدور حکم اعدام، هویدا درحالیکه عرق میریخت، گفت: حضرت خلخالی! من نمیگویم مرا اعدام نکنید؛ ولی خواهش میکنم به مدت دو ماه اعدام مرا به تأخیر بیندازید. دولت موقت به من وعده داده است. من گفتم: اصل تفکیک قوای ثلاثه؛ مقننه و قضائیه و مجریه را دولت موقت هم قبول دارد. خلاصه هرچه او اصرار کرد، من قبول نکردم و گفتم وصیت خود را بنویس! او گفت: حضرت خلخالی! یک میلیارد دلار به شما میدهم تا شما این کار را به عقب بیندازید. گفتم: اینها شعر است و من نمیتوانم در پیشگاه ملت ایران، جوابگوی تأخیر محاکمه و اعدام شما باشم. هویدا گفت: سلام مرا به مادرم برسانید و بگویید به دیدن من بیاید؛ چون او علاقه زیادی به من دارد و غیر از من کسی را ندارد. گفتم: مادران زیادی بودند که گریه میکردند، ولی نتوانستند عزیزان خود را قبل از اعدام ببینند؛ ولی ما هرچه گشتیم تا مادر هویدا را به دیدن پسرش ببریم، او در دسترس نبود... هویدا حاضر به نوشتن وصیت نشد تا شاید دستور اعدام او به تأخیر افتد و همین را فرجه حساب میکرد و شاید تصور میکرد دستی از غیب برای نجات او بیرون بیاید؛ ولی چارهای نداشتیم و سرانجام حکم را اجرا کردیم...».
متن اتهامهای هویدا در دادگاه بهشرح زیر قرائت شد: فساد در ارض، محاربه با خدا و خلق خدا و نایب امام زمان، قیام علیه امنیت و استقلال مملکت با تشکیل کابینههای دستنشانده آمریکا و انگلیس و حمایت از منافع استعمارگران، اقدام بر ضد حاکمیت ملی با حفظ سلطه سلطان دستنشانده آمریکا و دخالت در انتخابات، قانونگذاری و عزل و نصب وزرا و فرمانداران با نظر و خواست سفارتخانههای خارجی، واگذارکردن بیقیدوشرط منابع زیرزمینی از جمله نفت و مس و اورانیوم و... به بیگانگان، گسترش نفوذ سیاسی و اقتصادی امپریالیسم آمریکا و همدستان اروپاییاش بر ایران، من جمله از طریق نابودی صنایع داخلی و تضعیف آنها در برابر رقبای خارجی و تبدیل ایران به بازار مصرف کالاهای خارجی، پرداخت درآمدهای ملی حاصل از نفت به شاه و فرح و نیز تسلیم این درآمدها به ممالک وابسته به غرب و سپس اخذ وام به نرخهای بالا و گزاف و شرایط اسارتبار از آمریکا و سایر دولتهای غرب، نابودکردن کشاورزی و دامپروری و ازبینبردن جنگلها، شرکت مستقیم در فعالیتهای جاسوسی به نفع غرب و صهیونیسم، دستهبندی با توطئهگران بینالمللی در پیمانهای سنتو و ناتو و سرکوبی ملتهای ایران و فلسطین و ویتنام، عضو فعال سازمان فراماسونری در ایران در لژ فرعی با توجه به اسناد موجود و اقرار شخصی متهم، شرکت در خفهکردن و ارعاب مردم حقطلب و استعمارشده ایران با دستگیری آزادیخواهان و کشتار مردم بیدفاع و ضرب و جرح و شکنجه و آزار آنان و نقض آزادیهای اساسی مصرح در قانون اساسی وقت و قوانین موجود از جمله اعلامیه جهانی حقوق بشر و قوانین الهی از جمله با توقیف روزنامهها و اعمال سانسور در مطبوعات و کتب، مؤسس و اولین دبیر کل حزب استبدادی رستاخیز ملت ایران، اشاعه فساد فرهنگی و اخلاقی و شرکت در تحکیم پایههای استعمار از جمله شرکت در برقراری مجدد کاپیتولاسیون یعنی ایجاد قضاوت کنسولی درباره آمریکاییان، شرکت مستقیم در قاچاق هروئین در دوران اقامت در فرانسه در معیت حسنعلی منصور، دادن گزارشهای خلاف واقع و اشاعه اکاذیب با انتشار روزنامههای دستنشانده و گماردن سردبیران جیرهخوار در رأس نشریات و سانسور اخبار و انتشار اخبار و گزارشهای مجعول که تمام این اقدامات در اجرای توطئه استعمارگران بیگانه و سلطان دستنشانده بهمنظور اسارت و استعمار هرچه بیشتر ملت ایران بوده است. سلطانی که حسب اقرار متهم بهوسیله آمریکا روی کار آمده است.
هویدا بعد از شنیدن این کیفرخواست در پاسخ به رئیس جلسه گفت: «به دادگاه عرض کنم که جناب دادستان با اینجانب دو بار جلساتی داشتهاند که هر دو جلسه روی نوار ضبط شده است و تعدادی سؤال از این جانب فرمودند که قرار بر این شد پاسخ آن سؤالات را آماده کنم و توافق شد که این اجازه داده شود که ارقام و اطلاعاتی که درباره آن سؤالها و این اتهامات بوده جمعآوری شود تا در اختیار آنها گذاشته شود».
مکررترین جملات هویدا در دفاع از خود در برابر این اتهامات این بود که: «در آن سیستم اینطور عمل میشد که سیاست خارجی مستقیما زیر نظر پادشاه اجرا میشد. سیاست نظامی هم زیر نظر پادشاه اجرا میشد. سیاست امنیتی نیز مستقیما زیر نظر پادشاه بود. اینکه چرا اینطور بود یک حرف دیگر است، ولی زیر نظر پادشاه اجرا میشد و اگر دستگاهی جنایتی انجام داده و من اطلاع نداشتم، آیا من مقصرم؟ به قدر تقصیر خودم باید مرا مقصر بدانید نه بیشتر...».
در آخرین دفاع هم گفت: «دست من به مال و خون آلوده نیست؛ اما اگر در زمان من بعضی از جوانان از طرف مقامات شکنجه شدند و زجر کشیدند، عرض میکنم اطلاع نداشتم. ولی، چون در زمانی بودم که چنین کاری صورت پذیرفت، جز اینکه از آنها عفو بخواهم کار دیگری از من ساخته نیست؛ اما همه کارهای من هم بد نبوده است. من تسلیم دادگاه هستم و همیشه شعارم توکلت علیالله بوده است».
ابوالفضل توکلیبینا، از چهرههای قدیمی بازار و از فعالان کهنهکار سیاسی که مورد وثوق امام و رهبری و دولتهای مختلف بوده، در گفتگو با نشریه «حریم امام» به نکات جالب و کمترگفتهشدهای اشاره کرده است. روایت او روایت پیشگفته از سوی مرحوم ابراهیم یزدی را درباره توصیه به اعدامنکردن هویدا تأیید میکند. توکلیبینا گفته است: «دستگیری و انتقال هویدا [نخستوزیر دوران پهلوی]مردمی بود و امام دستور داد هرچه میخواهد برای او فراهم کنند. ابتدا در یک اتاق مستقل و اختصاصی در طبقه دوم مدرسه رفاه نگهداری میشد، اما چند روز بعد به زندان قصر منتقلش کردند و بعد هم [با حکم صادق خلخالی]اعدام شد. البته دولت موقت [به ریاست مهندس بازرگان]تلاش کرد هویدا اعدام نشود و دستور آن را هم از امام گرفته بودند، اما قبل از اینکه پیام امام را برسانند، او را اعدام کردند. البته چهار نفر بودند که یکی از آنها هویدا بود. به نظر من اعدام او به آن فوریت کاری اشتباه بود، چون او یازده [سیزده]سال نخستوزیر بود و اطلاعات زیادی درباره شاه داشت. مثل تیمسار فردوست که حرفهای زیادی گفت».
آنطورکه علی مطهری هم روایت کرده است، گویا پدرش هم با این اعدام مخالف بوده. او بهتازگی در مصاحبهای درباره اعدامهای وابستگان پهلوی و واکنشهای استاد مطهری گفته است: «ایشان چندینبار به آقای خلخالی تلفنی تذکر دادند. من خودم یکی، دو بار را شاهد بودم؛ مثلا درمورد اعدام هویدا معتقد بودند که نباید عجله شود. تلاش کردند با امام تماس بگیرند و آن شب موفق نشدند و تصمیم داشتند صبح با امام صحبت کنند، اما هویدا را همان شب اعدام کرده بودند...».