در آخرین سطور از ماده 162 لایحه برنامه پنجم آمده بود که معادل دو درصد (2%) از اعتبارات بودجه عمومی دولت در قالب بودجه سنواتی در اختیار معاونت نظارت و راهبردی قرار می‌گیرد تا در راستای تحقق اهداف فوق توزیع و هزینه شود.
این بند ابتدا با مخالفت توکلی و پیشنهاد حذف آن مواجه شد که رای لازم را کسب نکرد. سپس الیاس نادران این بند را مبهم خواند و گفت: «مشخص نیست که این 2 درصد جدا از آن بودجهای است که در جداول لایحه بودجه لحاظ خواهد شد و یا این 2 درصد جدا شده و در اختیار دولت قرار خواهد گرفت تا در هر جا مصلحت دید هزینه کند».
لاریجانی هم بر اساس توضیحاتی که از سوی نماینده دولت مطرح شده بود، گفت: «به نظر می‌رسد که این دو درصد از بودجه عمومی دولت باید کسر شود است نه اینکه از بودجه مجلس و قوه قضاییه هم بگیرند! این که نمیشود!»
رئیس مجلس بر این اساس یک اصلاح ویرایشی در متن لایحه دولت ایجاد کرد که با اعتراض آییننامهای توکلی مواجه شد که خطاب به او گفت: «مصلحت سنجیهایی که در حین بررسی برنامه لحاظ می‌کنید قانونی نیست. برای رفع ابهام باید رای بگیرد».
در حالیکه لاریجانی قصد داشت او را توجیه کند که با این اصلاح، مشکل ابهام لایحه برنامه رفع شده است، تفاوت معنایی لاریجانی و توکلی از مفهوم بودجه عمومی دولت مشخص شد.
توکلی به لاریجانی یادآور شد که در فرهنگ لغات برنامه نویسی بودجه عمومی دولت به معنی بودجه عمومی قوه مجریه نیست و فقط بودجه شرکتها از آن مستثنی است وگرنه بودجه مجلس و قوه قضاییه را هم شامل میشود.
