هفتم شهريورماه امسال(88) هيئت موسس دانشگاه آزاد با صدور بيانيه‌اي اعلام كرد كه "اموال دانشگاه آزاد وقف شده است. "
شوراي عالي انقلاب فرهنگي نيز در جريان اصلاح اساسنامه دانشگاه آزاد بر عمومي بودن اموال دانشگاه آزاد تأكيد كرد و از اين روي وقف اموال اين دانشگاه عملاً غيرممكن شد.
اما پس از كش‌وقوس‌هاي فراوان در زمينه اجرا يا توقف اساسنامه و وقف اموال دانشگاه آزاد، مقام معظم رهبري طي نامه‌هاي جداگانه خطاب به محمود احمدي‌نژاد رئيس شوراي عالي انقلاب فرهنگي و حجت‌الاسلام والمسلمين هاشمي رفسنجاني رئيس هيئت مؤسس دانشگاه آزاد خواستار توقف وقف توسط هيئت مؤسس و همچنين بررسي مجدد اساسنامه دانشگاه آزاد توسط شوراي عالي انقلاب فرهنگي شدند.
شنیده ها حاکی است میرحسین موسوي به دعوت هيئت مؤسس دانشگاه آزاد در يكي از جلسات اخير اين هيئت نيز شركت كرده که با اعتراض شديد حجت‌الاسلام والمسلمين محسن قمي (عضو هيئت مؤسس دانشگاه آزاد) روبرو شده بود.
حجت‌الاسلام والمسلمين قمي در اين جلسه تأكيد كرده بود با توجه به اقدامات موسوي، وي صلاحيت حضور در هيئت مؤسس دانشگاه آزاد را ندارد.
