کیهان در خبری با عنوان «بی‌توجهی وزیر علوم به حسن ظن نمایندگان» نوشت: وزیر علوم در پی کسب رأی اعتماد مجلس، اقدام به انتصاب فردی به معاونت خود کرد که صلاحیت وی برای وزارت به خاطر مشارکت در فتنه 88 از سوی نمایندگان رد شده بود.
فرجی دانا در حکمی میلی منفرد را به عنوان معاون آموزشی وزارت علوم منصوب کرد و این در حالی است که نمایندگان مجلس به خاطر مستندات موجود، با وزارت میلی منفرد مخالفت کرده بودند. میلی منفرد با 162 رأی مخالف نمایندگان از مجموع 284 رأی، از وزارت بازماند و به جای وی فرجی دانا با 159 رأی موافق، 70 رأی مخالف و 32 رأی ممتنع وزیر علوم شد.
برخی گزارش‌های موثق حاکی از آن است که مدعیان اصلاحات دور زدن مجلس و گماشتن برخی نیروهای خود در سطوح معاونت وزیر و مدیر کلی را در دستور کار قرار داده‌اند که این امر ناقض حسن ظن و اعتماد مجلس به وزراست.
