رحلت ایشان برای جامعه‌ی علمیِ دینیِ کشور مایه‌ی تأسف است.
رهبر انقلاب در پی رحلت آیت‌الله حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی، پیامی صادر کردند.
متن پیام حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تاسف خبر درگذشت فقیه عالی‌مقام و مرجع بصیر، حضرت آیة الله آقای حاج شیخ لطف الله صافی گلپایگانی رضوان الله علیه را دریافت کردم. ایشان از استوانه‌های حوزه علمیه قم و از برجستگان علمی و عملی و پر سابقه‌ترین عالم دینی در آن حوزه‌ی مبارک بودند.
در دوران مرحوم آیة الله بروجردی در شمار برترین تلامذه‌ی آن استاد بزرگ، در زمان مرحوم آیة الله سید محمدرضا گلپایگانی همراه و مشاور علمی و عملی ایشان و در دوران انقلاب، امین و مورد اعتماد حضرت امام خمینی رحمة الله علیهم به شمار می‌رفتند. سال‌ها در شورای نگهبان رکن اصلی آن شورا محسوب می‌شدند و پس از آن هم همواره درباره مسائل انقلاب و کشور، دلسوزانه و مسئولانه ورود می‌کردند و بار‌ها اینجانب را از نظرات و مشورت‌های خود مطلع و بهره‌مند می‌ساختند.
قریحه شعری، حافظه تاریخی، پرداختن به مسائل اجتماعی از دیگر ابعاد شخصیت این عالم کهنسال و بزرگوار بود. رحلت ایشان برای جامعه علمیِ دینیِ کشور مایه‌ی تأسف است. اینجانب به خاندان مکرّم و فرزندان گرامی ایشان و نیز به مراجع معظم و علمای اعلام حوزه‌ی علمیه و مقلدان و ارادتمندان ایشان به‌ویژه در قم و گلپایگان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۴۰۰/۱۱/۱۲
