این نگرانی و اتهامی که القاء شده بود، شامل دستگاه قضایی هم می شد. چون می گفتند صدام بی مهابا با متخلفین برخورد می کند. یعنی اگر کسی عقب نشینی و یا کوتاهی کند، صدام با او برخورد و اعدامش می کند؛ اما در ایران با رحمت و رأفت برخورد می کنند و لذا نیروهای مسلح حساب نمی برند. به همین دلیل دغدغه ای ایجاد شده بود.
اقع سه نفر قاضی جلسه و هیاتی گذاشتند و حرکات و فعالیتهای آن فرد را بررسی میکردند و بعد نظر میدادند، ولی دادگاه خیلی سریع بود و در فرصت کمی این کار انجام شد، چون زمانی بود که منافقین خیز جدیدی برداشته بودند و آن زمانی بود که عملیات مرصاد انجام شد و از عراق دوباره سازماندهی کردند و آمدند که کشور را فتح کنند و شهرهایی را بگیرند و حکومت ایجاد کنند. در واقع آن زمان امام مصلحت دیدند با کادرهای اینها برخورد شود. کسانی که جرائم جدیدی در زندان داشتند با آن جرائم برخورد شود. سه نفر در هر استان مشخص شدند و یک قاضی محکمه...
رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح در ایام جنگ، با رد تمامی شایعهها در خصوص حکم اعدام برخی فرماندهان عالیرتبه در آن دوران اظهار کرد: «موضوع خیانت فرماندهان به هیچ عنوان مطرح نبود و حضرت امام هیچ وقت نگفتند فرماندهان خائن هستند.»