بخشی از این ساختارهای خیره‌کننده شبیه یک بنای یادبود هرم‌مانند با طبقات روی هم چیده شده است و بخش دیگری از آن شبیه بقایای قلعه، معابد و آمفی‌تئاترها است که به نظر می‌رسد همه آن‌ها توسط جاده‌هایی سنگی، باریک و گاهی پلکانی به هم متصل شده‌اند.
به گزارش فرادید، ماساکی کیمورا، زیست‌شناس دریایی در سال ۲۰۰۷ به National Geographic توضیح داد: «بزرگترین بخش این ساختار شبیه یک هرم پیچیده، یکپارچه و پلکانی است که از عمق ۲۵ متری بالا می‌رود.»
در آن زمان، کیمورا بیش از ۱۵ سال بود که این ساختارهای عجیب را نقشه‌برداری می‌کرد و هر بار که برای دیدن آن‌ها به پایین شیرجه می‌زد، بیشتر متقاعد می‌شد که آن‌ها بخشی از یک شهر باستانی هستند.
او و دیگران معتقد بودند که این بناها ممکن است توسط مردم «جومون» ساخته شده باشند؛ یعنی شکارچیان-گردآورندگانی که از ۱۲۰۰۰ سال قبل از میلاد در جزایر ژاپن ساکن شده بودند.
با این حال، همۀ کارشناسان این ایده از «آتلانتیس ژاپنی» را باور ندارند. رابرت شوخ، استاد دانشگاه بوستون که خود شخصا این مکان را کاوش کرده است، معتقد است که «بنای یوناگونی» (نامی که این ساختارها با آن شناخته می‌شوند) به هیچ وجه دست‌ساز بشر نیست.
او با اشاره به سکوها و تراس‌هایی که در این ساختار وجود دارد، به National Geographic گفت: «این ساختار نتیجۀ تغییرات زمین‌شناختی و چینه‌نگاری سنگ‌های ماسه‌ای است که تمایل دارند در امتداد صفحات شکسته شوند و این لبه‌های بسیار صاف را به وجود بیاورند؛ به خصوص در منطقه‌ای با گسل‌های زیاد و فعالیت تکتونیکی.»
از زمانی که این دو نفر با مجله صحبت کردند بیش از ۱۶ سال و از کشف این بنا بیش از ۳۷ سال گذشته است و با این حال حقیقت در مورد منشأ آن همچنان یک راز باقی مانده است.
یک غواص محلی اولین بار در سال ۱۹۸۶ با آن برخورد کرد، زمانی که متوجه پله‌های تقریباً صاف «هرم» شد. از آن زمان به بعد، تئوری‌های زیادی در مورد اینکه این ساختار چگونه شکل گرفته وجود داشته است.
برخی از کارشناسان بر این باورند که این بنا صرفاً یک سازند طبیعی زمین‌شناسی است و برخی، از جمله کیمورا، بر این باورند که این پدیده باشکوه زمانی بخشی از قاره افسانه‌ای Mu در اقیانوس آرام بوده است که طبق افسانه، توسط یک فاجعه بزرگ در زیر امواج فرو رفته است.
توجیه کیمورا برای چنین نتیجه‌گیری‌ای دو جنبه دارد. اول، او ادعا می‌کند که علائم تراشیدگی در سنگ را در این ساختار شناسایی کرده و سنگ‌هایی را پیدا کرده که به نظر می‌رسد برای شبیه شدن به حیوانات تراشیده شده‌اند. او به National Geographic گفت: «یکی از نمونه‌هایی که من توصیف کرده‌ام، چیزی شبیه به یک ابوالهول زیر آب است.»
و دوم، او اشاره می‌کند که این منطقه به دلیل رویدادهای لرزه‌ای شدیدش مشهور است. برای مثال سونامی‌ای با امواج به ارتفاع حدود ۴۰ متر در سال ۱۷۷۱ جزیره یوناگونی و مناطق اطراف آن را درنوردیده است. به گزارش روزنامه ژاپنی یومیوری شیمبون، این فاجعه باعث کشته یا مفقود شدن حدود ۱۲۰۰۰ نفر شد و ضمنا تحقیقات انجام شده در دانشگاه توکیو نشان می‌دهد که این منطقه هر ۱۵۰ تا ۴۰۰ سال یک بار دچار سونامی می‌شود. بنابراین کیمورا تصور می‌کند که رویدادی مشابه ممکن است بنای یوناگونی را به زیر دریا فرو برده باشد.
تورو اوچی، دانشیار زلزله‌شناسی در دانشگاه کوبه نیز به National Geographic گفت که از نظریه کیمورا حمایت می‌کند و اصرار دارد که این ساختارها نمی‌توانند توسط حرکات صفحه‌ای زمین ساخته شده باشند.
او گفت: «من هم آنجا غواصی کرده‌ام و به هرم دست زده‌ام. حرف‌های پروفسور کیمورا اصلاً اغراق‌آمیز نیست. به راحتی می‌توان فهمید که آن آثار باستانی توسط زلزله ایجاد نشده‌اند.»
با این وجود، پروفسور شوخ و دیگران تحت تأثیر این استدلال‌ها قرار نمی‌گیرند. شوخ تأکید می‌کند: «همان اولین بار که در آنجا غواصی کردم فهمیدم که ساخت بشر نیست. این ساختار آن نظم و ترتیب خاصی را که بسیاری ادعا می‌کنند ندارد و زوایای قائمه و تقارن‌ها در بسیاری از نقاط آن دقیق نیستند».
این استاد دانشگاه بوستون تأکید کرد که همچنین سوراخ‌ها و علامت‌های روی سنگ‌ها نیز به احتمال زیاد ناشی از گرداب‌های زیر آب یا فعالیت موجودات دریایی بوده‌اند.
او گفت: «پروفسور کیمورا می‌گوید که نوعی نوشته یا تصویر را دیده است، اما اینها فقط خراش‌هایی روی صخره هستند که کاملا طبیعی هستند. او آن‌ها را به عنوان ساخته‌های دست بشر تفسیر می‌کند، اما من نمی‌دانم از کجا به این نتیجه رسیده است».
در نهایت، استدلال‌های هر دو طرف گاهی آنقدر قانع‌کننده است که تاکنون هیچ کس به طور قطعی به عمق این راز پی نبرده است. حقیقت این ساختارها هر چه که باشد، جایی در همان اعماق نهفته است.
