در اسفند سال ۱۳۶۶ مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز تهران منشعب شد؛ ولی پس از انتخابات مجلس سوم در سال ۶۷ و پس از نامه به امام در فروردین ۶۷ و جواب امام بود که این مجمع رسمیت یافت.
حذف محمود دعایی و فخرالدین حجازی از فهرست انتخاباتی جامعه روحانیت مبارز برای انتخابات مجلس سوم یکی از عواملی بود که زمینه‌ساز انشعاب روحانیون چپ‌گرای طرفدار دولت میرحسین موسوی در جامعه روحانیت مبارز شد.
مهدی کروبی که رهبری جریان اقلیت را برعهده داشت، آن را به این معنا گرفته بود که جامعه روحانیت از مسیر اصلی خود که حمایت از انقلاب و انقلابیون اصیل است، دست برداشته و کسانی را که سابقه چندانی در انقلاب ندارند، بر کسانی که کاملا سابقه دارند، ترجیح می‌دهد.
امام در فروردین ۱۳۶۷ درباره این موضوع نوشت: «انشعاب از تشکیلاتی برای اظهار عقیده مستقل و ایجاد تشکیلات جدید، به معنای اختلاف نیست. اختلاف در آن موقعی است که خدای ناکرده هرکس برای پیشبرد نظرات خود به دیگری پرخاش کند که بحمدالله، با شناختی که من از روحانیون دست‌اندرکار انقلاب دارم، چنین کاری انجام نخواهد شد. من به شما و همه کسانی که دل‌شان برای اسلام عزیز می‌تپد، دعا می‌کنم و توفیق آقایان را از خداوند متعال خواستارم».
اولین شورای مرکزی مجمع به دبیرکلی مهدی کروبی و عضویت محمد موسوی‌خوئینی‌ها، محمدرضا توسلی، حسن صانعی، امام جمارانی، حیدرعلی جلالی، سید‌محمد خاتمی، رسول منتجب‌نیا، اسدالله بیات، سید‌محمد هاشمی، محمدعلی انصاری، صادق خلخالی، محمد صدوقی، محمدعلی رحمانی، سراج‌الدین موسوی، عبدالواحد موسوی‌لاری، علی‌اکبر آشتیانی، ناصر قوامی، محمدعلی نظام‌زاده، محمدعلی ابطحی، هادی غفاری، اسدالله کیان‌ارثی، سیدحمید روحانی، محمود دعایی، سیدتقی درچه‌ای و عیسی ولایی تشکیل شد.
روایت مهدوی‌کنی
مرحوم آیت‌الله محمدرضا مهدوی‌کنی در کتاب خاطراتش درباره این انشعاب آورده بود: «خبر اعلام انشعاب به اجازه امام را شنیدم. دیدیم روزنامه‌های خاصی فوق‌العاده زده‌اند که انشعاب شد و دلیلش هم این است که این آقایان، اسلام‌شان آمریکایی است و طرفدار سرمایه‌دار‌ها هستند. من رفتم خدمت حضرت امام و عرض کردم: بعد از ۶۰ سال که از عمرمان گذشته، ما نمی‌دانستیم که آمریکایی هستیم، ما فقه را پیش شما خواندیم، سیاست را از شما یاد گرفتیم؛ حالا چطور شده بعد از این‌همه مدت آمریکایی از آب درآمده‌ایم؟ امام فرمودند: من چنین حرفی نزده‌ام. من به شما علاقه دارم. عرض کردم شما که انشعاب را قبول کرده‌اید؛ پس مفهومش این است که شما فلسفه‌اش را هم قبول دارید؛ چون امام به من خیلی لطف داشتند، جسارت پیدا کرده بودم این‌طور حرف بزنم. گفتم: یک مشت آمریکایی را برای چه نگه داشته‌اید؟ نامه‌ای را نوشته بودم که «نه» را درباره اینکه آمریکایی نیستیم، از امام بگیرم؛ گفتم: اگر این را تأیید می‌کنید، لطفا مرقوم بفرمایید. امام نگاهی کردند و فرمودند: بین دو مرحله انتخابات چنین چیزی را نمی‌نویسم؛ ولی بعد از انتخابات بیایید اینجا و هرچه درباره رفع این اتهام بنویسید، امضا می‌کنم. امام تیزبینی خاصی داشتند و در سیاست، خیلی دقیق بودند».
او همچنین درباره علت اختلاف از منشأ تعیین مصادیق کاندیدا‌های انتخابات به مجله «یادآور» گفته بود: «واقعا بعضی مسائل را نمی‌توان گفت. هرچه بود، یکی اختلاف سلیقه‌ها بود و یکی بی‌اعتمادی. ما به بعضی‌ها اعتماد دینی نداشتیم. معنایش این نیست که آنها را بی‌دین می‌دانستیم؛ ولی می‌گفتیم هرکسی که آمد و شعار تندی داد، دلیل دینداری او نمی‌شود و نمی‌توانیم تأییدش کنیم؛ به‌ویژه با رفتار‌هایی که عده‌ای از آنها در سال‌های اولیه انقلاب داشتند. ما می‌گفتیم در جامعه روحانیت وظیفه ما این است که خطوط را حفظ کنیم و تأیید بعضی از افراد، شکستن این مرزهاست».
روایت موسوی‌خوئینی‌ها
محمد موسوی‌خوئینی‌ها هم چندی پیش درباره این انشعاب در کانال تلگرامی‌اش نوشت: «اگر بخواهم بدون ارزش‌گذاری و فقط به‌عنوان یک ناظر بیرونی به این انشعاب نگاه کنم، این‌گونه توضیح می‌دهم که عملکرد این دو مجموعه روحانی خود نشان‌دهنده آن است که حق با حضرت امام بود که با این انشعاب موافقت کردند و معتقد بودند که این دو نمی‌توانند زیر یک سقف فعالیت کنند. نگاهی به اسامی مندرج در فهرست‌های انتخاباتی هریک از این دو مجموعه نشان می‌دهد که دارای دو دیدگاه متمایز از هم هستند. اعضای مجمع روحانیون، پیش از تشکیل آن، همگی از حامیان بدون‌تردید دولت آقای مهندس موسوی بودند و هیچ‌یک از کسانی که پس از تشکیل مجمع، به عضویت آن درآمدند و نیز افرادی که در فهرست‌های انتخاباتی مورد حمایت مجمع قرار گرفتند، در فهرست معروف ۹۹ نفر نبودند. در انتخابات ریاست‌جمهوری پس از رحلت حضرت امام، مجمع روحانیون از مرحوم آیت‌الله هاشمی که در آن زمان عضو جامعه روحانیت بود، حمایت کردند؛ ولی آینده نشان داد که جوهر افکار آن مرحوم به مجمع نزدیک‌تر بود تا به جامعه. مجمع روحانیون در پرونده فعالیت سیاسی خود حمایت از ریاست‌جمهوری جناب آقای خاتمی و جامعه روحانیت حمایت از آقای احمدی‌نژاد را دارد؛ مجمع روحانیون امروز هم همچنان به آن حمایت خود وفادار است؛ ولی گویا جامعه از آن حمایت هنوز لب می‌گزد».
او در‌این‌باره ادامه داد: «تفاوت‌های دیگری را نیز می‌توان برشمرد تا بیشتر نشان داده شود که حق با کسانی بود که این پیشنهاد را دادند و نظر موافق امام هم آنان را در انجام آن کار قوی‌دل کرد. بجا است خاطره‌ای را نیز اضافه کنم: روزی اعضای مجمع روحانیون میهمان مقام معظم رهبری بودند. ایشان در شروع صحبت‌شان سراغ همین انشعاب رفتند و گفتند که ما در اول موافق نبودیم؛ اما بعدا دیدیم که نظر حضرت امام درست بوده است».
روایت ناطق‌نوری
علی‌اکبر ناطق‌نوری هم درباره زمینه‌های انشعاب در سال ۷۱ به روزنامه «رسالت» گفته بود: «ما و برادران‌مان در مجمع روحانیون مبارز قبل از انتخابات سومین دوره مجلس شورای اسلامی در یک تشکیلات به نام جامعه روحانیت مبارز تهران فعالیت می‌کردیم که البته در این تشکیلات دو سلیقه وجود داشت که در انتخابات مجلس سوم، بعضی از اعضای شورای مرکزی مانند آقایان کروبی، جلالی‌خمینی و دعایی افرادی را برای معرفی کاندیدای مجلس پیشنهاد کردند که پس از بحث رأی‌گیری به عمل آمد و پیشنهاد آنها، چون در اکثریت نبودند، رأی نیاورد و بنابراین آقایان معترض شدند و گفتند اگر بخواهید این‌گونه عمل کنید، خودمان را جدا می‌کنیم. جناب آقای هاشمی‌رفسنجانی تلاش زیادی کردند تا این انشعاب انجام نشود و به‌همین‌دلیل پیشنهاد داد از نیرو‌های پیشنهادی آقایان هم پذیرفته شود تا انشعاب رخ ندهد و با احترامی که برای آقای هاشمی قائل بوده و هستیم، اکثریت اعضا پیشنهاد را پذیرفتند و در نتیجه بعضی از آقایان در دوره سوم در فهرست ما قرار گرفتند، بدون اینکه ما اطلاع داشته باشیم. یکباره تشکل مجمع روحانیون مبارز اعلام موجودیت کرد و هنگام انتخابات، مردم سردرگم مانده بودند که بالاخره روحانیون و روحانیت چه فرقی با هم دارند؟».
میخواهید بدانید زنی حقیقتاً باوقار است یا نه؟ به این ۸خصلت او نگاه کنید 
چگونه ماشین لباسشویی را جرم گیری کنیم؟ 
۱۰عادت والدینی که کودکانی با رفتار خوب تربیت میکنند 
چرا گوشتکوب برقی کار نمیکند؟ + راههای رفع آن 
۱۰ فیلم برتر اما استون / بهترین فیلمهای اما استون که باید ببینید 
طرز تهیه ۵نوع غذای ساده و سریع با شیر + خواص شیر 
